Im Februar 1916 gründeten einige junge Leute in Murten einen Fussballclub. Zwei Mannschaften trugen in den ersten beiden Jahren Freundschaftsspiele auf einem privaten Grundstück beim Bahnhof aus. Zwei der vier Gegner hiessen «Etoile-Sport Fribourg» und «Excelsior Payerne», wie man aus mehreren Murtenbietern dieser Zeit entnehmen konnte. Doch schon nach einer Saison wurde den jungen Spielern der Platz entzogen und es dauerte fast zwei Jahre, bis an der heutigen Bernstrasse ein neues Terrain gefunden werden konnte.

Nach einer turbulenten Zeit gründete man 1920 einen neuen Klub mit dem Namen «Victoria», der zwei Jahre später wieder in «Fussball Club Murten» umbenannt wurde. Nach Differenzen mit dem freiburgischen Fussballverband wechselte der Klub 1923 für ein Jahr zum seeländischen Verband, bevor er 1924 erstmals im Schweizerischen Fussball- und Athletikverband, SFAV / ASFA, an der Meisterschaft in der Serie C teilnahm und eine Saison später mit der ersten Mannschaft gleich Gruppenmeister wurde.

1929 stellte der Gemeinderat dem Verein das heutige Terrain im Pra Pury für neun Jahre gratis zur Verfügung. Vor und nach dem zweiten Weltkrieg war Murten Unterkunftsstätte vieler Soldaten. Nicht wenige unter ihnen nutzten die Gelegenheit, im Kreise des Fussballclubs ihren Lieblingssport zu pflegen.

1962 gelang dem Fanionteam erstmals der Aufstieg in die 2. Liga, in der es seinen Platz während acht Jahren halten konnte. Auf die Relegation 1970 in die 3. Liga folgten periodische Auf- und Abstiege der ersten und zweiten Aktivmannschaft. Seit dem Wiederaufstieg ausgangs der Saison 2004/05 spielt die erste Mannschaft in der zweiten, regionalen Liga, während die zweite in der vierten Liga kickt. Neben zahlreichen Juniorenmannschaften stellt der Verein seit der Spielzeit 2005/06 auch ein Damenteam.